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As universidades recém-organizadas, bem cedo, contra a vontade dos leigos e por desejo dos papas, entraram e tiveram preponderância professores pertencentes as duas ordens religiosas: os Dominicanos , e os Franciscanos. A característica nova e comum destas duas ordens religiosas foi a pobreza individual e coletiva.

Na Europa, no contexto de Bacon, havia dois centros de referência:
· Universidade de Paris: a mais ilustre universidade da Idade Média, desenvolveu especialmente a filosofia e a teologia, – concentrava os pilares do franciscanismo –São Boaventura . Os franciscanos, propuseram-se como finalidade principal a caridade ativa e tiveram uma enorme influência sobre o povo, inspirando-se na mentalidade agostiniana.
· Universidade de Oxford – centro dos dominicanos e de Tomás de Aquino - dedicou-se especialmente às ciências naturais,
Os dominicanos dedicaram-se mais ao estudo, à ciência, inspirando-se no pensamento aristotélico ( que chegou na Europa com os árabes que trouxeram os clássicos traduzidos, principalmente Aristóteles), exercendo maior influência entre as classes sociais elevadas;

Bacon foi influenciado por esse dois centros quando, por ex., diz que a EXPERIÊNCIA não deve ser somente externa, ligada ao mundo corpóreo, mas também interna, a partir de uma iluminação promovida por Deus (Tem aqui muito de Tomás de aquino na 1ª parte e de Santo agostinho na 2ª )
Bacon sempre foi um critico muito agressivo das idéias da época. Várias vezes foi punido e até encarcerado.